然而，和平相處的願景，終是抵不過時間的侵蝕。由於人妖神之間文化習性和發展的差異，三族之間的摩擦從未停歇，最後，一場無法避免的戰爭席捲了所有種族。這之後，人類獲勝並佔領了世間大陸，妖神們戰敗並囿於天外之境，妖怪們也不得不在各地開闢靈域，偏居一隅，開始休養生息。

隨著時間的流逝，曾經慘痛的歷史慢慢不再被各族提及，妖怪和人類之間的關係逐漸回暖，交流開始變得密切，妖怪們居住的靈域，也在此時出現在世人的眼前。

此前，為了躲避人類的征討，妖怪們的靈域皆獨立於人界而存在，大多處於一些未知地界，對人類來說是不可見也不可進。隨著兩族關係的破冰，這些靈域開始逐步對人類開放，得益於先行者們的探索，越來越多的靈域被世人所瞭解。

每個靈域都有著獨樹一幟的地域風情和飲食特色，吸引了一批批的探索者不斷前往。立志成為《妖怪餐廳》中最優秀店長的你，也將直面各地客人的口味差異，並從這些靈域中，找尋那些能給人們帶來幸福的美味。